OS X 10.9 (Mavericks) で効いた方法が 10.11 (El Capitan) や 10.12 (macOS Sierra) では効かないので改めて探すと、オプション指定が変わってました。

defaults write com.apple.mail _AlwaysShowDuplicates -bool true

隠しオプションはアンダースコアで始めるって規則なのかしらん。

ところで重複したメッセージがあるのは判ったので、消したいんですけど数千あります。まとめて消せる時間のかからない方法、ありませんかねぇ……