iBooksに入れたPDFファイルは何処へ保存（コピー先）されているのかな？
OS X Mavericksになり新しい「iBooks」ライブラリはiTunesライブラリとは別の場所になる
今までは
/Users/ユーザー名/Music/iTunes/iTunes Media/Books
にあったファイルは、
/Users/ユーザー名/Library/Containers/com.apple.BKAgentService/Data/Documents/iBooks/Books
に移動してここに電子書籍やpdfなどのファイルが格納されている。ユーザー名の後のLibraryフォルダは通常隠されているのでメニューバーのFinderの「移動」をオプションを押しながらクリックすると「ライブラリ」フォルダが表示されてアクセスできます。