以前、古いEudoraのメールを変換した時に一部のメールだけ、ヘッダの数行が消えてしまいApple Mailへインポートしたら文字化けしてしまってました。なぜかこんな遅い時間にそのことを思い出して、気付いたのは一度Apple Mailからメールのソースをテキストファイルに書き出してヘッダ等を修正した後、改めて読み込ませれば直るかも？ということ。

Apple Mailから書き出すのはメニューから［ファイル］の［ 別名で保存］。フォーマットに［メッセージソース］を指定すればemlファイルができました。それをテキストエディタ（例えばmi）で開いて、足りないヘッダ行を補ったり（Content-Type）、文字コードを変換したり（メール本文がShift-JISなのをiso-2022-jpに変換する等）。

最後にApple Mailへ読み込ませるには、このページを参考に formail コマンドを使ってmbox形式に変換。

formail < oldfile.eml > newfile.mbox

それをApple Mailの［ファイル］→［メールボックスを読み込む］でインポートしたら、無事に文字化けが直りました。